Kết cục của chiến tranh Trịnh - Nguyễn là tình trạng hai chính quyền: "vua Lê - chúa Trịnh" ở Đàng Ngoài và "chúa Nguyễn" ở Đàng Trong song song tồn tại.
Tháng 1 năm 1515, Thuỵ quận công Ngô Bính và Nguyên quận công Trịnh Duy Sản được cử làm Đô tướng, Ngự sử đài thiêm đô ngự sử Nguyễn Khiêm Bính được cử làm Tán lý quân vụ đi đánh Phùng Chương ở vùng núi Tam Đảo.
Cuối cùng, sau chiến tranh Trịnh - Nguyễn, đất nước bị chia cắt thành Đàng Trong - Đàng Ngoài, hình thành hai chính quyền : "vua Lê - chúa Trịnh" và "chúa Nguyễn" ở hai đàng.